•عفونت با سه فاکتور ارزیابی می گردد:

•- عامل بیماریزا (microorganism)- مقاومت میزبان (host resistance) -درمان ( Treatment ) آنتی بیوتیکها با مکانیسمها مختلف سبب از بین رفتن باکتریها می شوند . بطور کلی انتی بیوتیکها یا میکروب کش ( bactricide) یا متوقف کننده رشد میکروب (  bactriostatic ) هستند . آنتی بیوتیکها یا از طریق ازبین بردن دیواره پپتیدوگلیکان سلولی و یا ممانعت از سنتز پروتئیینها و یا تداخل در ساخت مواد متابولیکی و یا بلوک کردن سنتز DNA

به مقابله با میکروب می پردازند. مصرف بی رویه انتی بیوتیکها و بکارگیری انتی بیوتیکهای وسیع الطیف در خط اول درمان سبب مقاومت به انتی بیوتیک گردیده است. میکروبها با مکانیسمهای متنوعی در برابر آنتی بیوتیک مقاومت می کنند. یکی از مهمترین مقاومتهای میکروبی مقاومت میکروب سل در برابر آنتی بیوتیک است که میزان مبتلایان به سل را  افزایش داده است. 

میکروبها به روشهای مختلف در برابر انتی بیوتیک ها مقاوم شده اند . یکی از راهها ایجاد پمپ افلاکس بر دیواره باکتری است که سبب خروج انتی بیوتیک از میکروب می شود .راه دیگر تولید انزیمهایی است که انتی بیوتیک را تجزیه می کند مانند انزیم پنی سیلیناز که از بعضی استافیلوکک های مقاوم به پنی سیلین ازاد می شود و سبب غیر فعال شدن پنی سیلیین گردیده است و یا اینکه از طریق پلاسمید ژن مقاوم از یک باکتری به باکتری دیگر منتقل می شود و برخی مقاومتها در اثر تغییرات اهداف آنتی بیوتیک در درون سلول ایجاد می شود.

یکی از راههای غلبه برمقاومت میکروبی تجویز انتی بیوتیک انتخابی به کمک تست انتی بیوگرام در ازمایشگاه است که نوع انتی بیوتیک اختصاصی ضد میکروب مورد نظر را مشخص می کند. راه دیگر اضافه کردن ترکیبات ویژه در انتی بیوتیک است که در برابر انزیم مترشحه از میکروب مقاومت کند مانند ترکیب کلاولونیک اسید در داروی کوآموکسی کلاو که انزیم پنی سیلیناز را بی اثر می سازد. راه دیگر بکار گیری آنتی بیوتیکهای با طیف اثر باریک در برابر انتی بیوتیکهای وسیع الطیف در خط اول درمان است. لازم بذکر انتی بیوتیک داروی ضد ویروس نیست و بسیاری از بیماریهای ویروسی مانند سرماخوردگی و انفولانزا نیاز به انتی بیوتیک ندارند و با استراحت دادن به بیمار و تقویت قوای جسمی و سیستم ایمنی بیماری قابل درمان است.